本罪与聚众扰乱社会秩序罪的界限。两罪在客观方面、犯罪主体、主观方面相同。其区别：一是犯罪客体不同。前罪的客体是军事禁区管理秩序;后罪的客体是公共场所秩序或交通秩序。二是侵害的对象不同。前罪侵害的对象是军事禁区;后罪侵害的对象是公共场所。
二、本罪与聚众冲击国家机关罪的界限。聚众冲击国家机关罪，是指聚众冲击i国家机关，致使国家机关工作无法进行，造成严重损失的行为。两罪在犯罪主体、丰粤亨面、客观方面相同或者近似，其主要区别在于：一是侵犯的客体不同。前者侵犯的直接客体是军事禁区秩序;后者侵犯的直接客体是国家机关工作秩序。二是犯罪对象不同。前者的犯罪对象是军事禁区;后者的犯罪对象是除军事机关外的其他国家机关工作区。
三、本罪与武装叛乱形式冲击军事禁区，严重扰乱军事禁区秩序的行为的界限。聚众冲击军事禁区罪中的持械冲击军事禁区，用武装叛乱罪中的持械冲击军事禁区相似。对以武装叛乱形式冲击军事禁区，严重扰乱军事禁区秩序的，属想象竞合犯，按照择一重罪处断的原则，应定武装叛乱罪进行处罚。
