专门管辖，是指专门人民法院之间，以及专门人民法院与普通人民法院之间对每一审刑事案件在受理范围上的分工。
专门人民法院的设置是按照各种专门业务机构的组织体系建立起来的审判机关。我国目前已经建立的专门人民法院主要有军事法院、铁路运输法院和海事法院等。其中海事法院不具有刑事案件的管辖权；军事法院管辖的是现役军人和军内在编职工的刑事犯罪案件，现役军人、军内在编职工和非军人共同犯罪的，分别由军事法院和地方人民法院管辖；涉及国家军事秘密的，全案由军事法院管辖；铁路运输法院所管辖的刑事案件主要是危害和破坏铁路运输和生产，严重破坏火车和交通设施，在火车上实施的犯罪，违反铁路运输的规章制度，造成重大或严重后果的案件。
