指定管辖是指上级行政机关以决定的方式指定下一级行政机关对某一行政处罚行使管辖权。指定管辖实际上也是赋予行政机关在处罚管辖上一定的自由裁量权，以适应各种错综复杂的处罚情况。它对解决目前处罚管辖存在的重复管辖或者空白等问题很有意义。
上级机关指定一级机关对某一处罚行使管辖权，是一种具有法律效力的行政行为，具有行政行为一般特点，适用行政行为的一般规则，因此，指定应以书面方式进行。按行政行为的程序作出指定的决定。也就说，上级机关行使指定权时，要依法作出指定决定，制作指定决定书。否则，难以分清决定者与被指定者的责任，也使被指定者行使管辖权失去法定依据。
《行政处罚法》第21条规定：“对管辖发生争议的，报请共同的上一级行政机关指定管辖。”所谓发生管辖争议，是指两个以上的机关或者组织在实施某一处罚上，发生互相推诿或互相争夺管辖权等现象。形成原因有以下几个方面：
第一，我国许多行政机关的职权不清，相互间的关系也不甚明确，对社会生活、公共事物和管理互有交叉，因此表现在对行政违法行为的管辖上也必然互有交叉，无法真正落实职能管辖的规定。特别是实施行政处罚涉及本地市、本部部门的利益，因此在处罚管辖上发生争议是难以避免的。争议发生后应协商解决，争议的双方应本着互谅互让、相互支持相互配合的态度，以对人民、对国家高度负责的态度认真解决问题，而不能使问题复杂化。也应说，凡是通过双方努力能解决的争议，争议双方应该积极努力加以解决，如果因体制等客观原因解决不了的，就应及时报请共同上一级机关指定管辖。
第二，由于我国的行政处罚制度还不完备，以及行政违法活动的错综复杂，各单行的法律、法规之间规定也存在着竞合问题，因而，在实施行政下罚过程中出现对一个行政违法活动几个行政机关都有管辖权的情况。由于特殊原因而使管辖权不明确。特殊原因既包括法律上原因，如某一机关正处于合并或者被撤销之中；也包括事实上或者客观上的原因。如发生了火灾、水灾等意外事件；同时还包括新兴领域出现，管理一时还未跟上的。这些原因都可能导致处罚管辖权不明确或者出现管辖白现象，对此，上级机关应及时指定有关下组机关对因上述原因而不能实施的行政处罚行使管辖权。
第三，由于一个行政违法案件可能连续、持续或者牵连几种行政违法行为，而这些违法行为可能涉及几个地区、几个部门和行政机关，这种共同管辖问题在行政处罚实践中是不可避免的，如果实施管辖协商不成也会出现管辖争议问题。
第四，在目前行政处罚实践中，在对行政违法案件的管辖问题上，一些部门不是从国家的利益出发，而是受利益趋动，从本部门的利益出了，对自己有利的争着管，对自己不利的无人管。因而加剧了行政机关对行政违法案件互相推诿或者互相争夺管辖权的矛盾。
指定管辖权是一种行政决定权和行政领导权，一般由上级机关行使。就发生管辖争议而言，其指定管辖权应由争议双方的共同一级行政机关行使。对此《行政处罚法》第21条作了明确规定,这里的共同上一级行政又因争议各方的关系不同而不同。为什么要规定由共同的上一级行政机关指管辖呢？这是由于，指定管辖权是一种行政决定权和行政领导权，指定管辖的决定一经作出，被指定管辖的行政机关就必须遵守执行，而对行政机关的行政行为有决定权和领导权的只有其上级行政机关。在两个或者以上行政机关发生行政管辖争议时，必须由他们共同的上一级机关才能对这两个或者行政机关也有所不同，分析起来有以下几种情况：（1）如果争议各主是政府所属的两个以上工作部门，那么，行使指定管辖权的机关就是本级人民政府；如：县工商局和县物价局之间发生行政处罚管争议，指定管辖机关就应该是该县人民政府；（2）如果争议各方是不同级政府所属的两以上工作部门，则需要具体问题具分析；（3）如果这两个以上部门都隶属于同一个行政主管部门，那么行使指定管辖权的机关就是争议各方中级别最高的工作部门所从属的人民政府，如同一个省的一市一县工商局对一行政违法案件发生管辖争议，就应当由省工商局指管辖；（4）如果争议各方不属于同一个行政主管部门，是两个以人民政府，那么行使指定管辖权的机关就是这些政府的共同上一级人民政府，如：同一省的一市交通局和另一市公安局发生行政管辖争议，应当由省人民政府作了指定管辖的决定。总之，共同上一级机关的确定比较复杂，要视具体情况来定。根据法律规定发生管辖术争议机关的共同的上一级行政机关，这里规定的“上一级”机关和上级机关是有所不同的，“上一级”机关是要求仅高一个层次 。
至于因特殊原因引起的指定管辖，其指定权一般都由原因发生地或者违法行为发生地的地方人民政府或者其上一级人民政府。
出现了管辖争议的问题，各部门应本着从国家和人民的利益出发，积极配合、互相支持、解决予盾，使行政处罚工作得以有效地实施，并努力协商解决。首先应分析发生争议的原因，如果属于共同管辖问题，可以按照“先查处原则”来解决管辖权争议，这在国外的行政处罚制度中也有规定，德国的“违反秩序法”就规定，对于一项违反秩序行为同时违反了数个法律，数个行政机关依法都对这项违反秩序行为有管辖权，在这种情况下上首先介入案件的那个行政机关负责管辖。这种“优先管辖权”理论，有利对行政违法案件的快速有效地处理，有利于在发生共同管辖问题时予盾的尽快解决。当然，如果该行政违法案件牵连了几个行政违法行为，也可以考虑“重吸收”的原则，由行政处罚较重的行政机关实施处罚，以解决重复处罚问题，必须指出，各行政机关在协商对行政违法案件的管辖权时，不管适用什么原则，一定要符合法律、行政法规和规定，同时要以便于实施行政处罚，便于及时纠正行政违法行为，便于教育违法行为人为指导思想。当然，如果是因为对一些法律、法规规定有不同的理解，或者的确是体制上的问题无法确定应由谁来对该行政处罚案件实施管辖，就应当及时报请共同的上一级机关指定管辖，以免延误对行政违法安案件的处理。
